La prima ricognizione sulla collina dove sorge Haghia Triada risale al 10 giugno 1900 - appena una settimana dopo l'inizio dello scavo di Festòs -, come annota Luigi Pernier nel suo taccuino di scavo: quivi fu notata la presenza di numerosissimi frammenti ceramici. Dopo successive ricognizioni durante il biennio 1900-1902, fra maggio e giugno del 1902 iniziarono gli scavi, proseguiti fino al 1905: la direzione fu presa in prima persona da Federico Halbherr, coadiuvato dall'ottimo disegnatore Enrico Stefani (solo nel 1903 lo scavo fu condotto da Roberto Paribeni). A Luigi Pernier furono demandate le contemporanee ricerche su Festòs.

Le ricerche furono riprese negli anni 1910-1914, sempre da Halberr coadiuvato dallo Stefani per completare lo scavo e prepararne la pubblicazione.

Il completamento della documentazione grafica e della descrizione del sito proseguì con difficoltà sempre crescenti e in modo sporadico e discontinuo dalla fine della prima guerra mondiale al 1925; nel triennio 1934-1936 vi furono campagne di restauro coordinate dal Pernier. Saggi di scavo, brevi e limitati, furono eseguiti da Luisa Banti, allieva fiorentina del Pernier, nel 1939 e nel 1958. Negli anni settanta, Doro Levi condusse nuovi brevi saggi, coadiuvato da Clelia Laviosa. A questi seguirono annuali campagne di saggi, dal 1977 al 1999, sotto la responsabilità scientifica di Vincenzo La Rosa. Negli ultimi anni le ricerche sul campo e il riesame della documentazione dei vecchi scavi sono stati finalizzati soprattutto alla definizione di una cronologia certa e della storia urbanistica del sito.

Per una ricerca approfondita sul sito ed una consistente bibliografia si consiglia la lettura dei contributi su Per il centenario dello scavo di Haghia Triada 1902-2002, CRETA ANTICA 4 (2003).