La storia del sito di Haghia Triada, inizia forse nel Periodo Neolitico, ma non esistono prove definitive per attribuire ad un'epoca così antica una frequentazione dell'area. I primi reperti ceramici databili con sicurezza, attraverso confronti con altri siti della Creta meridionale, si collocano in un arco di tempo che comprende Antico Minoico - inizi Medio Minoico o Periodo Prepalaziale, coprendo il terzo millennio a.C. e l'inizio del secondo. Particolarmente interessante un set di ceramiche che, ritrovato nei pressi di un focolare associato con ossa di animali e lame di ossidiana, situato sulla parte alta del colle, potrebbe indicare il luogo dove si svolgevano cerimonie cultuali. E' stato ipotizzato che questo "banchetto" religioso possa essere l'espressione di un gruppo emergente, in grado di fondare un nuovo sito. Ceramiche di vario genere, a carattere sia domestico che cultuale, resti di varie case, e una serie di costruzioni funerarie al di fuori dell'estremità nord-orientale dell'area recintata comprendenti anche due tombe circolari, in cui sono stati rinvenuti numerosi sigilli (fig. 1 e fig. 2) si susseguono nel corso dell'intero periodo, forse rispecchiando un insediamento costituito da unità abitative e raggruppamenti sparsi, che cambiano nel tempo. L'attività edilizia si intensifica nell'ultima fase del periodo, costituendo appunto una solida base "prepalaziale".

Nel periodo Medio Minoico (che comprende i primi secoli del II millennio a.C.) l'evento caratterizzante è la costruzione dei grandi palazzi minoici (Cnosso, Festòs, Mallia). Nell'area centro-meridionale di Creta, Haghia Triada rappresenta ormai un sito interattivo con Festòs, costituendo, insieme al sito costiero di Kommos, un polo funzionale al controllo di un ampio distretto che comprende la pianura della Messarà e che si affaccia sul mar Libico. Al vertice del controllo politico-amministrativo si erge Festòs, sede organizzativa di tutta l'area, incentrata nel grande palazzo. Le vicende di Haghia Triada nel corso del periodo Protopalaziale e di quello subito precedente sono inscindibili dalla storia di Festòs. Percorrono, infatti, in parallelo, sia la vigilia della "svolta palaziale" (MM IA), che l'avvio del nuovo sistema politico-amministativo con sede centrale a Festòs (MM IB) e il periodo della sua massima fioritura (MM II); infine, la crisi e la distruzione del palazzo, con successivi tentativi di ripresa (MM III iniziale).

Nel Museo fiorentino abbiamo numerosi esempi della ceramica "guida" del periodo, la cosiddetta ceramica kamares, della quale alcuni esempi sembrano provenire proprio da Haghia Triada (fig. 3 e fig. 4).

Ricordiamo inoltre i non molti sigilli attribuiti a questo periodo rinvenuti nell'area di Haghia Triada, ma senza un preciso contesto, che indicano la probabile presenza di una élite locale ma non permettono alcuna ricostruzione di una sfera amministrativa più ampia (fig. 5).

Il periodo d'interesse per questo nostro museo è il periodo Neopalaziale (Medio Minoico III avanzato - Tardo Minoico IA-B), fra il 1700 e il 1450 circa. E' in questo periodo che vengono costruite sia la "Villa Reale, che la città (fig. 6).

I documenti amministrativi in nostro possesso risalgono proprio alla sua fase finale. Nonostante i problemi di cronologia sugli inizi e sulla fine della "Villa", questo complesso rappresenta inconfutabilmente il fulcro dell'attività del sito di Haghia Triada. Sembra indiscutibile il suo ruolo di dimora residenziale per i funzionari amministrativi, fornito di aree di rappresentanza, di culto e di magazzini. L'abitato anteriore alla costruzione della villa riceve un nuovo impulso parallelamente alla sua costruzione: si estendeva soprattutto sulle pendici ad est (cf. la monumentale "Casa Est" e le più modeste "Casa dei Fichi" e "Casa a nord della Casa Est"). Una nuova estensione si ha anche a nord della villa, limitata da due muraglioni est-ovest (cf. "Casa del Lebete" e "Casa delle Sfere fittili"). L'area funeraria continua ad estendersi nel settore nord-orientale e viene provvista di una struttura di supporto per le attività connesse al culto dei morti.

Affreschi (fig. 7), oggetti in pietra (fig. 8, fig. 9 e fig. 10), oggetti in ceramica (fig. 11), costituiscono, insieme ai documenti amministrativi, un patrimonio straordinario per le nostre conoscenze su questo periodo.

Il centro neopalaziale fu distrutto da un fortissimo incendio, collegabile alle catastrofi che colpirono tutta Creta intorno al 1450, probabilmente dovute all'"ingresso" di Micenei nell'isola, che risparmiarono solo Cnosso, che divenne la loro principale sede amministrativa sull'isola. In questo periodo, definito come Palaziale Finale (1450-1200 a.C. circa), Haghia Triada si riprese progressivamente e dal 1380 c. divenne un centro "miceneo" importantissimo. Ne abbiamo testimonianza sia dalla costruzione del grande megaron al posto della villa (fig. 12), la cosiddetta agorà che attraversa il villaggio costituito da numerose case e botteghe (fig. 13), il famoso sarcofago dipinto in pietra (fig. 14)

Nel periodo Postpalaziale (Tardo Minoico IIIC e Sub-minoico) il sito viene abbandonato, anche se nel cosiddetto "Piazzale dei Sacelli" fiorì un culto che continuò fino agli inizi dell'età greca.