Nel corso della prima metà del XV secolo (1450 AC, data convenzionale) tutti i siti minoici forniti di un centro amministrativo (palazzi, ville, centri rurali, ecc.) vengono distrutti, ad eccezione del palazzo di Cnosso. L'ipotesi più plausibile vede nei Micenei del continente la presa di potere sull'isola – ricordiamo il probabile indebolimento della flotta minoica e il ridimensionamento del raggio di azione di Cnosso durante il periodo TM IB.

I principi micenei sono ormai in grado di competere con i Minoici e il palazzo di Cnosso si trasforma in un centro miceneo, come denotano in primo luogo la sostituzione della Lineare A con la Lineare B (miceneo) per redigere le tavolette d'uso amministrativo (FIG. 1: una delle famose "tavolette dei carri"), ma anche il cambiamento sia delle tombe - compaiono le tombe a tholos e a camera micenee - che dei corredi tombali -in cui prevalgono le armi, tipiche dei corredi micenei del continente (FIG. 2: tomba 4 di Sellopoulo) e dello stile vascolare (FIG. 3: grande giara a tre anse in "stile di palazzo"). Alcune modifiche vengono sicuramente effettuate nel palazzo di Cnosso, ad esempio nella funzione della "sala del trono", ma il palazzo mantiene la sua struttura precedente, ben diversa da quella dei più piccoli palazzi micenei creati solo successivamente e circondati, almeno sul continente, dalle mura ciclopiche.

Sparisce il sistema amministrativo del periodo neopalaziale, caratterizzato dalle "grandi residenze", ma sembra che il potere di Cnosso, ormai in mano ai Micenei, si estenda su alcuni dei siti più importanti dell'isola, dove vengono dislocati i funzionari amministrativi micenei. Finalmente abbiamo la possibilità di conoscere il sistema amministrativo di Cnosso, essendo in grado di leggere le tavolette in Lineare B, elemento che ci era precluso per il periodo minoico, non essendo la Lineare A ancora decifrata. Il commercio con l’Egitto continua, e appare sempre in mano ai cretesi, mentre i Micenei del continente cominciano ad estendere indisturbati i loro commerci sia in area siriana che in Anatolia.

Questo periodo, che comprende il Tardo Minoico II-IIIA1, ed è chiamato anche "monopalaziale", in quanto i precedenti palazzi minoici non vengono più ricostruiti, finisce bruscamente intorno al 1370 con la distruzione del palazzo di Cnosso. Distruzione isolata e mirata – sia alcune parti del palazzo che della città circostante non vengono colpiti -, forse dovuta all'opera congiunta degli altri siti cretesi che dei micenei del continente, che non vedevano di buon grado il predominio del regno miceneo di Cnosso. A seguito di questo evento, non si assiste ad una decadenza della civiltà in Creta, anzi sembra attuarsi un rifiorire degli altri siti dell'isola, nei quali elementi micenei e minoici paiono convivere. E' proprio a questo secondo periodo che sembra risalire la maggior parte dei reperti vascolari della collezione fiorentina.

Haghia Triada diventa uno dei centri più importanti: al posto della villa minoica fiorisce un grande megaron miceneo, e nella parte bassa della città viene costruita la cosiddetta agorà micenea (FIG. 4), un ampio spazio aperto rettangolare, con alternanza di pilastri e colonne, fiancheggiata da piccoli vani, probabilmente "negozi". E' di questo periodo il famoso "sarcofago dipinto" in pietra, rinvenuto nella necropoli della città, interamente decorato con intonaco affrescato (FIG. 5). Il porto di Kommos, sicuramente legato a Haghia Triada, continua a rappresentare uno dei principali scali dell'isola, insieme al porto orientale di Zakro e a quello nord-occidentale di Chania. Il ritrovamento di tavolette in Lineare B in quest'ultimo sito, e un artigianato basato su anfore a staffa con iscrizioni in Lineare B che venivano esportate a Tebe (FIG. 6), Eleusi, Micene e Tirinto – qui almeno le abbiamo ritrovate -, denotano il legame di questo sito con i palazzi micenei del continente, che forse si estende anche a buona parte dell'isola.

A differenza della Grecia, la transizione fra questo periodo, definito anche postpalaziale (TM IIIA2-IIIB), sembra effettuarsi senza gravi sconvolgimenti e distruzioni generalizzate, anche se la fondazione di nuovi siti in altura e l'abbandono di altri siti sembra suggerire la contropartita degli eventi sul continente.